Actualmente Pérez Zeledón divide su territorio en 12 distritos, siendo San Isidro de El General su cabecera de cantón.
Sus 12 distritos son:

• San Isidro de El General
• El General
• Daniel Flores
• Rivas
• San Pedro
• Platanares
• Pejibaye
• Cajón
• Barú
• Río Nuevo
• Páramo
• La Amistad